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生物显微镜在环境监测领域主要由以下几种主要应用：

细菌检测如水中总大肠菌群检测是环境监测中的常规检测项目。其复发酵后有一个革兰氏染色镜检过程，这个相信大多数人都比力了解了，这里不再赘述。此外，操作生物显微镜做一些细菌或真菌的形态学鉴定在环境监测领域内也偶有呈现。

浮游植物，具有色素或色素体能吸收光能和二氧化碳进行光合作用制造有机物，营浮游生活的微小藻类的总称，是水域的初级出产者。随着太湖蓝藻的大规模报道，环境监测领域掀起了一阵对水华的研究热潮。而无论是生态查询拜访抑或是抑藻方法的研究工作，都离不开对浮游植物的定性定量阐发。

生物显微镜镜检是浮游植物检测中最为传统也是目前公认性最高的检测方法（也有用分子生物学方法做的），也是环境监测部门中检测藻类的最主要技术手段。其检测主要是依靠技术人员的经验，需要技术人员 有扎实的藻类分类学功底，对生物显微镜要求不是太高。

生物显微技术在现代微生物学中阐扬了无可比拟的重大作用，相信随着科技的继续成长，生物显微技术在微生物学中会阐扬更大作用。
当我们将显微镜与计算机连接之后，我们就可以对样品进行具体的阐发研究，从而为我们的研究学习提供更多基础依据。
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